Ao olhar para o céu, podemos observar a já citada águia-de-Bonelli. O casal aqui residente faz, usualmente, o seu ninho num pinheiro-bravo.
Uma outra espécie que habita na TNM é o açor (Accipiter gentilis). Este casal nidifica na zona da Barroca e pode ser encontrado por todo o território.
O bufo-real, a maior ave de rapina nocturna da Europa, encontra aqui tranquilidade, abrigo e o alimento necessário para o seu desenvolvimento.
A mais recente habitante da Tapada é a águia-cobreira (Circaetus gallicus), observada pela primeira vez em Maio de 2007.
Entre as mais de 60 espécies de pequenas aves que aqui ocorrem, as mais comuns são os chapins, os rabirruivos, os tentilhões e as alvéolas.
As galerias ripículas das margens das ribeiras são o habitat de numerosos invertebrados e de grupos faunístico que deles se alimentam, como a avifauna e a herpetofauna. Nestes locais, são observados diversos tritões, salamandras, rãs, relas, sapos, cágados e diferentes espécies de cobras.
Os mamíferos, em particular o gamo (Cervus dama), o veado (Cervus elaphus), o javali (Sus scrofa) e a raposa (Vulpes vulpes), são as espécies mais conhecidas pelo público.
No entanto, outros mamíferos habitam na Tapada, como o coelho-bravo (Oryctolagus cuniculus), o texugo (Meles meles), a geneta (Genetta genetta), o sacarrabos (Herpestes ichneumon), a doninha (Mustela nivalis) e o ouriço-cacheiro (Erinaceus europeus), entre outras.